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이 가운데 Bacillus 속의 세균은 전통 된장의 풍미와 관련되어 있다고 알려지고 있다. 이렇게 겨우내 매달아 논 메주나, 30℃에서 배양한 메주 표면의 곰팡이를 깨끗이 씻고 잘게 쪼개서 햇빛에 말린 다음 적당량의 소금과 물을 넣어 숙성시키면 된장이 되는 것이다.
2) 콩과 청국장
전시에 만들어 먹는 장이라는 뜻의 전국장에서 이름이 유래되었다는 청국장은 된장과는 달리 2～3일이면 완성되는 속성 발효 식품이다. 즉 삶은 콩을 시루에 담고 볏짚을 구겨서 군데군데 꽂아 따뜻하게 보온해서 띄우는 것이다. 볏짚을 사용하는 이유는 된장처럼 볏짚에 청국장을 발효시켜주는 균이 묻어있기 때문이다. 볏짚에 묻어있는 균을 고초균(枯草菌)이라 하는 것은 바로 이러한 연유에 의한 것이다. 보통의 균은 50～60℃에서 거의 사멸하지만, 내열성 포자를 생성하는 고초균은 열에 강하기 때문에 발효 시 발생하는 열로 인해 해로운 균이 전부 죽더라도 계속해서 청국장을 발효시킬 수 있다.
청국장의 일반적인 제조과정은, 대두를 잘 씻어 불려서 익힌 다음 볏짚이 깔린 시루에 삶은 콩을 담거나 콩 사이사이에 볏짚을 잘라 꽂은 후, 아랫목에 이불을 씌워 40～50℃에서 2～3일간 보온하면 볏짚에 붙어 있는 야생 고초균의 일종인 Bacillus subtilis가 번식하여 실 모양의 끈끈한 점질물이 생성되면 청국장이 완성되는 것이다.
청국장은 지방이나 가정마다 일정하지 않다. 그 이유는 발효 개시제라 할 수 있는 볏짚에 부착된 고초균의 종류가 다르기 때문이다.
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